Hokovirus

Hokovirus
Systematik
Klassifikation: Viren
Bereich: Varidnaviria[1]/Divdnaviria[2][3]
Reich: Bamfordvirae[1]
Phylum: „Nucleocytoplasmaviricota“[3][2]/
„Nucleocytoviricota“[1]
(NCLDV)
Klasse: Megaviricetes[1][3][2]
Ordnung: Imitervirales[1][3][2]
Familie: Mimiviridae
Unterfamilie: Klosneuvirinae
Gattung: Hokovirus
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA
Baltimore: Gruppe 1
Wissenschaftlicher Name
‚Hokovirus‘ (engl.)
Kurzbezeichnung
HokV / HKV
Links

Hokovirus (HokV, auch HKV) ist eine vorgeschlagene Gattung von Riesenviren (englisch Nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDV) aus der Familie der Mimiviridae mit nur einer Spezies, Hokovirus HKV1.[4] Wie alle diese Riesenviren haben sie ein Genom aus einer doppelsträngigen DNA (dsDNA). Die Gattung wurde bei der Analyse von Metagenomproben aus Bodensedimenten von Ablagerungen in der Kläranlage in Klosterneuburg nahe bei Wien, Österreich, gefunden. Zusammen mit Hokovirus wurden dort von Schulz et al. 2017 drei weitere Virusgattungen identifiziert, Klosneuvirus, Catovirus und Indivirus, die zusammen als Klosneuviren (vorgeschlagene Familie Klosneuvirinae) bezeichnet werden.[5]

Genom

Hokovirus hat ein großes Genom von 1.326.229 Basenpaaren (bp) und kodiert vorhergesagt 1.022 Proteine, das sind 881 Genfamilien. Damit hat Hokovirus das drittgrößte Genom unter den genannten Klosneuviren nach Klosneuvirus (1,57 Millionen bp, 1.272 Genfamilien) und Catovirus (1,53 Millionen bp). Der GC-Gehalt beträgt 21,4 %,[5] vergleichbar mit dem zweier anderer Riesenviren, Cafeteria-roenbergensis-Virus (CroV) und Choanovirus 1 (ChoanoV1), diese haben 23 % bzw. 22 %.[6]

Wirte

Die Metagenomanalyse der ribosomalen 18S-rRNA zeigte weiter, dass ihre Wirte einfachen Cercozoa (zumindest) nahestehen.[5]

Systematik

Mit Stand März 2019 ist das Hokovirus noch nicht vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) registriert (Master Species List #34v 2018b.v2).[7] Das National Center for Biotechnology Information (NCBI) sieht die Gattung Hokovirus mit der Spezies Hokovirus HKV1 in der Familie der Mimiviridae.[4]

Während die Zugehörigkeit aller vier in Klosterneuburg gefundenen Virusgattungen zu den Mimiviridae unbestritten ist, wird die genaue Topologie des Verwandtschaftsbeziehungen innerhalb dieser Familie derzeit noch diskutiert. Meist werden sie wie bei Schulz et al. (2017) in eine vorgeschlagene Unterfamilie Klosneuvirinae gestellt.[5]

Einige Autoren (CNS 2018) sehen die Klosneuviren in naher Verwandtschaft mit dem Cafeteria-roenbergensis-Virus (CroV) und dem Bodo-saltans-Virus (BsV) und fassen diese in einer vorläufige Unterfamilie namens Aquavirinae.[8] Ein weiterer Vorschlag besteht darin, alle zusammen mit den Mimiviren (mit Mimivirus und Megavirus) in eine größere Unterfamilie Megavirinae zu stellen.[9]

Während das NCBI das Bodo-saltans-Virus (BsV) als Spezies in der Gattung Klosneuvirus sieht,[10] schlagen Disa Bäckström et al. (2019), Fig. 3, eine Systematik der Klosneuviren mit dem Catovirus als nächsten Verwandten von BsV vor:[11]

 Klosneuviren 

Hokovirus


   


Catovirus


   

Bodo-saltans-Virus



   

Klosneuvirus


   

Indivirus





Vorlage:Klade/Wartung/Style

Nicht berücksichtigt sind in diesem Kladogramm andere von den Autoren per Metagenomanalyse gefundene Linien.

Einzelnachweise

  1. a b c d e Peter J. Walker: [1], auf: ICTV Proposals, 19. Oktober 2019
  2. a b c d Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH: Create a megataxonomic framework for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins filling all principal taxonomic ranks. ICTV Proposal 2019.003G, April–Juli 2019
  3. a b c d Peter J. Walker: 2019.003G.Uc.v2.Divdnaviria (xlsx) Vorschlag an das ICTV, 16. August 2019
  4. a b NCBI: Hokovirus (Gattung), Zugriffsdatum: 21. August 2019
  5. a b c d Frederik Schulz, Natalya Yutin, Natalia N. Ivanova, Davi R. Ortega, Tae Kwon Lee, Julia Vierheilig, Holger Daims, Matthias Horn, Michael Wagner: Giant viruses with an expanded complement of translation system components. In: Science. 356, Nr. 6333, 7. April 2017, ISSN 0036-8075, S. 82–85. doi:10.1126/science.aal4657.
  6. David M. Needham, Susumu Yoshizawa, Toshiaki Hosaka, Camille Poirier, Chang Jae Choi, Elisabeth Hehenberger, Nicholas A. T. Irwin, Susanne Wilken, Cheuk-Man Yung, Charles Bachy, Rika Kurihara, Yu Nakajima, Keiichi Kojima, Tomomi Kimura-Someya, Guy Leonard, Rex R. Malmstrom, Daniel R. Mende, Daniel K. Olson, Yuki Sudo, Sebastian Sudek, Thomas A. Richards, Edward F. DeLong, Patrick J. Keeling, Alyson E. Santoro, Mikako Shirouzu, Wataru Iwasaki, Alexandra Z. Worden: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators, in: PNAS, 23. September 2019, doi:10.1073/pnas.1907517116, ISSN 0027-8424, hier: Supplement 1 (xlsx)
  7. ICTV: Master Species List 2018b.v2. Abgerufen am 2. August 2019.
  8. Centre national de la recherche scientifique (CNS): List of the main “giant” viruses known as of today, Université Aix Marseille, 18. April 2018
  9. C.M. Deeg, E.C.T. Chow, C.A. Suttle: The kinetoplastid-infecting Bodo saltans virus (BsV), a window into the most abundant giant viruses in the sea. In: eLife. 7, 2018, S. e33014. doi:10.7554/eLife.33014.
  10. NCBI: Bodo saltans virus (Spezies), Zugriffsdatum: 2. August 2019
  11. Disa Bäckström, Natalya Yutin, Steffen L. Jørgensen, Jennah Dharamshi, Felix Homa, Katarzyna Zaremba-Niedwiedzka, Anja Spang, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin, Thijs J. G. Ettema; Richard P. Novick (Hrsg.): Virus Genomes from Deep Sea Sediments Expand the Ocean Megavirome and Support Independent Origins of Viral Gigantism, in: mBio Vol. 10 Nr. 2 2019, doi:10.1128/mBio.02497-18

Weblinks

Original: Original:

https://de.wikipedia.org/wiki/Hokovirus